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许多构成绿色屋顶植被的植物在该地区并不典型，这降低了它们的功能。

通过消除绿地以建设新项目和高速公路，改善空气质量、增加土壤不渗透性以及因此增加洪水数量的可能性降低。绿色屋顶为这个问题提供了一些优势（但它们不能解决这种情况，只能作为一种缓解方法），例如减少城市热岛效应、雨水径流和建筑物的能源成本。

知道这一点后，两名纽约学生正在从种植有两个本地植物群落物种的盒子中收集土壤样本：亨普斯特德平原等地区的典型草，以及生长在新英格兰南部和整个纽约州的岩石山峰上的牧场。为了尝试提高绿色屋顶的效率，这些研究人员正在尝试为这种类型的屋顶确定最合适的植物物种。

2007 年发表在《生物科学》杂志上的一项研究发现，绿色屋顶可以潜在地帮助控制雨水径流，减少城市热岛效应，并调节建筑物和家庭的温度。为了提供这些好处，覆盖植被必须能够经受住强风、长时间的紫外线辐射和不可预测的可用水量变化。最适合这些情况的植物是景天属。

但加拿大多伦多约克大学生物学博士生 Scott Maclvor 说，这些植物吸水的效率不如其他物种，而且在一年中的某个时候，它们开始吸收热量而不是反射热量。据研究人员称，景天类植物不是最适合在屋顶上种植，因为这种做法不利于植物物种的生物多样性。根据 Maclvor 的研究，当绿色屋顶由可以适应当地条件的多种植物组成时，它们会带来更多好处。

菌类

巴纳德学院生物科学助理教授 Krista McGuire 参与了一个类似的项目：她正在比较来自种植有原生植被的十个屋顶的土壤样本和来自纽约市五个公园的土壤样本，以确定社区微生物细菌在绿色屋顶上茁壮成长。这是为了更好地了解健康的屋顶生态系统如何维持自身。

McGuire 发表在期刊上的一项研究 普洛斯一号 揭示了绿色屋顶具有多样化的真菌群落，这有助于植物在污染环境中更具抵抗力并过滤掉重金属。研究还发现，平均每个屋顶上存在 109 种不同类型的真菌，包括 假单胞菌，一种生长在受污染的土壤和人类主导的环境中的物种。屋顶上的土壤也含有真菌。 佩罗内拉，它们生活在植物的组织中，以帮助它们捕获必要的营养。

属于研究样本的三个屋顶指出真菌群落从一个屋顶到另一个屋顶是不同的。真菌的生长取决于屋顶的位置、该地区的污染程度、温度和降雨量。研究人员解释说：“植物物种正在适应新的环境。没有真菌，植物将无法生长和生存”。